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发现5500种新病毒!

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发现5500种新病毒!

根据最近在线发表在《科学》上的一项研究,从世界各地收集的海水样本为人们提供了RNA病毒数据宝库,增加了生态研究的可能性,重塑了人们对如何进化这些小而重要的亚微粒子的理解。

一个国际研究团队通过将机器学习分析与传统发育树相结合,确定了5500种新型RNA病毒,其中一种属于已知的5种RNA病毒门,另一种属于5种新型RNA病毒门。

其中,最丰富的新发现物种属于研究人员拟命名的Taraviricota门。

RNA病毒对我们的世界显然很重要,但我们通常只研究一小部分-数百种危害人类、植物和动物的病毒,美国俄亥俄州立大学微生物学教授Matthewsullivan说。我们想系统地研究它们,探索一个尚未深入研究的环境。我们很幸运,因为几乎每个物种都是新的。

Taraviricota门病毒在整个海洋中都被发现,这表明它们在生态上非常重要。以Sullivan为例。

研究人员表示,更多地了解海洋病毒的多样性和丰富性有助于解释海洋微生物在海洋适应气候变化中的作用。

此前的研究表明,海洋病毒是生物泵的旋钮

长期以来,Sullivan团队对海洋DNA病毒进行了分类,从2015年到2016年的数千种病毒增加到2019年的20万种病毒。

目前,该团队的工作主要集中在RNA病毒病原体的分类上。

研究团队发现了数百种新型RNA病毒属于现有分类,也发现了数千种无门无派病毒,并将其归类为五个新门——Taraviricota、Pomiviricota、Paraxenoviricota、Wamoviricota和Arctiviricota。国际病毒分类委员会最近确认了这五扇门。

在之前的DNA病毒研究中,科学家使用病毒颗粒进行分析。

在RNA病毒检测过程中,没有病毒颗粒需要研究。

相反,它们从漂浮在海洋中的生物体所表达的基因中提取序列,并将分析范围缩小到RNA序列,其中包含一种叫做RDRP的特征基因。

该基因在RNA病毒中进化了数十亿年,但不存在于其他病毒或细胞中。

由于RDRP可以追溯到地球上第一次出现生命时,它的序列位置多次偏离,这意味着传统的系统发育树不能仅仅用序列来描述。相反,该团队使用机器学习处理4.4万个新序列,并对已识别的RNA病毒序列进行分类,以便准确验证该方法。

我们必须以已知为基准研究未知。我们创造了一种可重复计算的方法,将这些序列对齐到我们更确定的位置,以准确地反映进化,Sullivan说

通过对三维序列结构和比较的进一步分析,5500个新物种并不完全属于现有的5个RNA病毒门。俄亥俄州立大学微生物学家AhmedZayed说:我们根据已知公认的基于系统发展的分类组进行基准测试,这就是为什么我们发现更多的分类。

这些发现不仅提出了5个新的RNA病毒门,还提出了至少11个新的RNA病毒分类。

随着时间的推移,RDRP基因的新数据使我们更好地了解地球上早期生命的进化。因此,我们不仅在追踪病毒的起源,也在追踪生命的起源。Zayed说。